letka_enka: (Default)
Сегодня с помощью chatGPT я наладила себе несколько действий в терминале и эмуляторе Linux MobaXTerm:
1) теперь если я перехожу между папками через Midnight Commander, то у меня сохранятся новая локация. Раньше это не работало. Нужно было изменить .bashrc файл с настройками профиля:

alias mc='. /usr/libexec/mc/mc-wrapper.sh'

2) теперь я могу вызывать Chemcraft (визуализатор квантово-химических расчетов) из командной строки, просто набирая chemcraft myfile.xyz или любой другой, который я хочу открыть. Очень удобно! Опять же добавляется "заклинание" в профиль:

alias chemcraft='cmd.exe /c "C:\Chemcraft\chemcraft.exe"'

3) и файлы с изображениями я теперь тоже могу открывать! Можно печатать pic mypicture.png и картинка открывается. Тоже нужно было изменить профиль:

alias pic='cmd.exe /c start ""'

Я не знаю, роскошно ли это звучит для внешнего читателя, но я прямо счастлива! Это мелочи, но они очень портят жизнь. Почему я раньше не спрашивала чат? Он же мне уже помогал приручить "Мобу".

А почему я занималась этим сегодня? А потому что я села все-таки рисовать за двоих аспиранток (мою Янан и На из группы Роберта) нормальную картинку со спектрами КР для публикации, которую мы хотим скоро отправлять в журнал. Сколько я не просила сделать нормальное уширение теоретических спектров, никто так и не осилил. Пришлось мне доставать свои питоновские скрипты и строить нормальные картинки. Ну, а заодно подкрутила настройки Мобы.

В этой картинке нет совершенно ничего гениального, но вы просто не видели, какая она была страшная, пока я ее не переделала.  Raman_exp_theory.png
letka_enka: (Default)
В программе OpenMolcas, которой я пользуюсь для многоконфигурационных расчетов, генерируется много файлов с орбиталями. Эти орбитали жизненно необходимо просматривать глазами, чтобы понять, а вообще хорошие ли эти они, такие ли хочется для заданных целей, не нужно ли их "обменять" и прочие насущные вопросы, без которых жизнь квантового химика немыслима. И всё бы было ничего, но если базисный набор для расчетов слишком большой и включает f-функции, то сохранить орбитали в стандартном molden формате уже нельзя. Можно сохранить в формате h5, но этот формат не просматривают никакие нормальные визуализаторы. У Molcas есть своя утилита на питоне pegamoid, которая с h5-файлами работать умеет. Я уже пару раз пыталась ей воспользоваться, но безуспешно, хотя вроде бы всё очевидно: скачал файл, написанный на питоне, и запустил. Но нет, вылезают какие-то многочисленные маловнятные ошибки, а также предупреждения о будущих изменениях в каких-то процедурах. Починить это мне не удалось ни самой, ни с помощью друга чата. Тогда я вчера пошла другим путем:
- через скачанный файл get-pip.py установила для питона "пип": python get-pip.py
- прописала путь к питону и "пипу":export PATH="/cygdrive/c/Users/.../anaconda3:/cygdrive/c/Users/.../anaconda3/Scripts:$PATH"
- установила пегамоид через "пип": pip install Pegamoid
- дальше из-за разницы путей на винде и линуксе было много проблем и путаницы, но в принципе если пойти в папку, где стоит пегамоид (cd /cygdrive/c/Users/.../anaconda3/Scripts/), его можно запустить питоном (python pegamoid.py), а оттуда уже открывать нужный файл
- или можно добавить функцию в .bashrc (и не забыть source .bashrc)
function pega() {
    cd /cygdrive/c/Users/.../anaconda3/Scripts/ && python pegamoid.py "$@"
    }
Тогда можно вызывать программу командой pega и выбирать файл для просмотра.
- и еще возникают проблемы с размером временной папки пегамоида, когда нужно просматривать большие орбитали. Программа просто вылетает на этапе расчета орбиталей на сетке. Проблема решается, если вручную выбрать больше места в "Set scratch" окошке внутри программы. Например, для комплекса Зохре я увеличила максимальный размер с 1 до 3 Гигов. Может быть есть и другой способ, но пока как-то так.



letka_enka: (Default)
[livejournal.com profile] natalia_goodler на дне самоуправления спрашивает, чему бы я хотела научиться. А я сейчас как раз нахожусь на месячной стажировке в Вене, чтобы научиться молекулярной динамике молекул в возбужденных состояний с помощью пакет SHARC3.0 = Surface Hopping including Arbitrary Couplings. В принципе, я же ученый-теоретик и заниматься своими расчетами могу где угодно, и откуда угодно могу бомбить Себастиана (в первую очередь) вопросами. Но побыть на стажировке - это совсем другое дело, и это очень мотивирует.

А для любопытствующих: как может выглядеть рабочее место квантового химика. Вот так, например. На большом мониторе я мучаю молекулу (злочастного Януса, кто помнит такую историю). Мне надо сделать две структуры, чтобы один из карбеновых лигандов был прикреплен к железу, а второй нет, и наоборот. Дело оказалось небыстрым, потому что я хочу не просто две отзеркаленные структуры, но и чтобы порядок атомов был одинаковый, и тогда можно попробовать имитировать реакцию и оценить ее барьер.



Read more... )

Profile

letka_enka: (Default)
letka_enka

July 2025

S M T W T F S
   12 345
6789101112
1314 15 16171819
20 212223 2425 26
2728293031  

Syndicate

RSS Atom

Most Popular Tags

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated 12 Aug 2025 16:02
Powered by Dreamwidth Studios